Мішель де Нострадам народився 14 грудня 1503 року в родині недавно прийняли християнство євреїв у маленькому містечку Сен-Ремі в Провансі. Його батько Жак, процвітаючий нотаріус, забезпечив свою дружину і сина затишним будинком і радо приймав у себе в гостях безліч друзів і ділових компаньйонів. Юний Мішель, що виріс у атмосфері товариськості і дружнього тепла, в оточенні багатих ароматів провансальської кухні, з дитинства дізнався всю принадність смачної їжі, місцевих пліток і жвавих дискусій. Ці ранні враження заклали основи для ніколи не залишавших Нострадамуса захоплень інтелектуальними вправами і кулінарним мистецтвом. Однак, як помітили ще обидва його діда, Жан де Сен-Ремі і П'єр де Нострадам, Мішель в дуже юному віці проявив і ще один талант - чудовий дар пророцтва. Живучи деякий час з дідусем Жаном, Мішель вивчив грецьку, латинську і давньоєврейську мови. Будучи старанним учнем, він проявив виняткові математичні здібності та надзвичайні схильності і обдарованість в галузі астрології, відомої тоді під назвою "небесна наука".

Обидва діда Мішеля були вченими людьми. Вони підтримували між собою близькі дружні стосунки ще задовго до шлюбу дочки Жана, Рені, з сином П'єра, Жаком. Обидва друга служили лікарями в королівському будинку Провансу і багато подорожували по Південній Європі з двором короля Рене та його сина, герцога Калабрії та Лотарингії. Врешті-решт обидва доктора влаштувалися в Провансі. Їх сім'ї зв'язали шлюбні узи. Коли у них народився онук Мішель П'єр і Жан стали приділяти велику увагу її виховання і надали грунтовний вплив на подальше життя та освіту майбутнього великого пророка. В отроцтві Мішель щоденно вивчав під керівництвом П'єра і Жана безліч предметів, зокрема класичну літературу, історію, медицину, астрологію і народну медицину, використовуючу цілющі трави. Хлопчик ознайомився також і з "забороненими" мистецтвами і науками, такими, як іудейська Каббала  і таємниче вчення алхіміків. Після смерті дідуся Жана Мішель повернувся додому і жив зі своїми батьками і братами, продовжуючи навчання під наглядом дідуся П'єра. У віці 14 років Мішеля відправили вчитися до міста Авіньон - великий центр науки епохи Ренесансу і столицю папського анклаву в Провансі. Тут католицькі священики дали йому філософію, граматику і риторику. Вільний час Мішель присвячував читанню окультних та астрологічних книг в знаменитій папської бібліотеці Авіньйона. Його товариші-студенти прозвали його "маленьким астрологом" за настільки явну прихильність до "небесної науки".

Коли батьки Мішеля в Сен-Ремі дізналися, що їхній син відкрито виступає на захист астрології і астролога Коперника, вони стривожилися, боячись, що надмірна відвертість Мішеля і його єврейське походження можуть привернути до нього увагу протестантів або католиків, між якими в той час росла напруга на грунті релігійних розбіжностей. Повернувшись в Сен-Ремі, Мішель отримав від діда сувору догану, зміст якого зводився до того, що слід тримати язик за зубами.

У XV і XVI століттях релігійні упередження проти євреїв були дуже сильні. Благочестиві християни засуджували їх як "христоубивць" по всій Європі, особливо в Іспанії, де євреїв переслідували і навіть вбивали. Безліч євреїв з Іспанії та інших країн Європи стикалися в Прованс у пошуках притулку. Але в 1501 році, коли помер Шарль Майнський, спадкоємець престолу провансальської, Прованс відійшов у володіння Франції, і новий французький король, Людовик XII, без зволікання наказав усім євреям хреститися в християнську віру під страхом покарання. Рідні Нострадамуса прийняли хрещення і на час народження Мішеля вже вважалися в СенРемі зразковими християнами, потай продовжуючи сповідувати іудаїзм і зберігаючи свої релігійні та культурні традиції. З огляду на всю цю атмосферу переслідувань і секретності, не дивно, що Жак де Нострадам стривожився, дізнавшись про бажання свого сина стати астрологом, 3навши, що до астрологів, що суміщав своє захоплення з лікарською практикою, ставилися менш вороже, дід запропонував Мішелю медичну кар'єру, і в 1522 році юним Нострадамус став студентом медицини в університеті міста Монпельє.

 Молодий студент, який уже отримав блискучу освіту завдяки старанням (;своіх вчених дідусів, незабаром став  проявляти невдоволення невіглаством і догматизмом професорів університету. Медична наука тоді все ще перебувала на рівні "темних віків", іреї зауваження Міщеля про необхідність чистоти і про потенційну небезпеки кровопускань і проносних пропускали повз вуха.

Протягом трьох років Нострадамус стоїчно терпів "навчання" в Монпельє, зважившись у що б то не стало почерпнути з нього хоч що-небудь цінне. Він успішно витримав усні та письмові іспити на ступінь бакалавра, але, як тільки ліцензія лікаря виявилася у нього в руках, він негайно вирішив покинути університет і виїхати з міста. У провінції, далеко від пильного ока своїх професорів,  сподівався отримати можливість випробувати і розвинути свої власні методи. Захопивши з собою астролябію і книги з медицини і астрології, Нострадамус пустився в погоню за чумою.  Бубонна чума , відома в народі під назвою "чорна смерть!," Через потворних чорних пустул, якими покривалося тіло хворого, була справжнім прокльоном Франції XVI ст. Лікарі навряд чи могли запропонувати хворим яку-небудь істотну допомогу - до тих пір, поки не з'явився   костюм закриваючий навіть голову "маскою смерті", забезпеченій кришталевими лінзами для очей і довгим носом, просоченим пахощами. В університеті Моппелье юний студент Нострадамус швидко розчарувався і своїх колег-медиків і був змушений захищати свої унікальні, що випередили час медичні погляди від неуцтва, забобонів і страху. Нострадамус, серйозна, вдумлива молода людина з темною бородою, рожевими щоками і безстрашним, впевненим поглядом сірих очей. Цей молодий доктор невтомно працював серед хворих, застосовуючи новий підхід до лікування чуми: замість кровопускання він наказував чисту воду, свіже повітря і ліки на основі цілющих трап. У Нарбоні, Каркассон (де він став особистим лікарем дю Фея, єпископа Аменьского), в Тулузі і в Бордо Нострадамус врятував своїм цілительським мистецтвом від вірної смерті тисячі людей. Не виключено, що розуміння важливості санітарії та уявлення про існування мікробів пов'язані з пророчими видіннями Нострадамуса. Луї Пастер, великий учений XIX століття, піонер в галузі мікробіології і вакцинації, згаданий у працях Нострадамуса за чотириста років до свого народження. Звіти сучасників про те, як Нострадамус звертався з жертвами чуми в місті Екс, дають нам гарне уявлення про його стратегії боротьби проти "чорної смерті". Спершу він наказав прибрати всі трупи і ретельно очистити вулиці. До світанку він вже виходив у поля за містом, щоб набрати рожевих пелюсток. Пелюстки відносили в його аптеку, сушили, розтирали в дрібний порошок і робили з них рожеві пігулки. Стовченими пелюстки троянд змішували з вищевказаними інгредієнтами. З цієї цинамону суміші робили таблетки, які Нострадамус називав "рожевими пігулками". Пацієнтам рекомендувалося постійно тримати ці пігулки під язиком-Щира вода, чиста ночівля і свіже повітря допомагали більшості пацієнтів засвоювати великі дози вітаміну С, що містилися в рожевих пілюдях, обходячись без поширеної медичної практики кровопускання. Завдяки цим новим методам і своїм рожевим пігулкам Нострадамус позбавив від чуми міста Екс і Салон.

Найбагатші і знатні люди Європи хотіли мати складені Нострадамусом гороскопи. Їх дружинам він давав поради щодо косметики. Нострадамус також був відомим перекладачем з класичних мов на французьку. Він написав підручник "Trakte des Fardernens>" про доктор і фармацевт, з якими він зустрічався у своїх мандрівках по Південній Європі. Подорожуючи, він часто зупинявся у лікарів і аптекарів, багато з яких також походили з родин хрещених євреїв. Днем Нострадамус працював разом з ними, лікуючи хворих, а ночами вивчав під їх керівництвом окультні науки. Ці люди входили в підпільну мережу алхіміків і Каббаластів, які шукали розгадки таємниць, що лежать поза межами догматів християнства.  

У 1529 Нострадамус повернувся у Монпельє, щоб отримати докторську ступінь. На його усний іспит, який проходив у великому зал університету в присутності всього факультету, зібрався величезний натовп людей, залучених чутками про цілительський дар Нострадамуса. Майстерно відстоюючи свою неортодоксальну практику і приводячи в свій захист свідоцтва успішності своїх методів, Нострадамус справив велике враження на аудиторію, домігся ступеня доктора медицини і отримав місце на факультеті в Монпельє. Протягом трьох років він був професором університету, але потім під тиском посилилися обмежень був змушений знову пуститися в мандри.

Після короткого візиту до врятованого ним від чуми міста Нострадамус відкрив постійну практику в Тулузі. У 1534 році він отримав запрошення  від великого вченого і філософа Жюля Сезара Скалігера . За своїм авторитетом Сезар поступався хіба що Еразм Роттердамський, і Нострадамус був невимовно радий можливості спілкуватися з прославленим вченим чоловіком.

Він швидко подружився з Скалігером і переселився в ажан. Успішна лікарська практика і шановне положення доктора медицини робили його однією з самих завидних партій для ажанскіх наречених. І незабаром Мішель одружився на молодій красуні, яка народила йому двох дітей. Наступні три роки він насолоджувався щастям сімейного життям у своєму будинку і суспільством деяких найвидатніших учених Європи в будинку Скалігера.  

Коли в 1537 році в ажан почалася чума, Нострадамус впевнено приступив до боротьби зі своїм старим ворогом. Але успішно вздоровив багатьох городян, Нострадамус виявився безсилий перед "чорної смертю", постукавши до нього в будинок. Коли на палаючих від жару обличчях його дружини і дітей з'явилися зрадницькі чорні плями, він зрозумів, що все його лікарське мистецтво не в силах врятувати улюблених людей. Незабаром жителі Ажана дізналися, що Нострадамусу не вдалося вберегти власну сім'ю, та його репутації лікаря прийшов кінець. Родичі його покійної дружини подали на Нострадамуса в суд, коли він відмовився повернути її придане, а Скалігер, якого він вважав своїм найкращим другом, спровокував його на потворну сварку, яка поклала кінець дружбі.